Dayhoff modellen för att poängsätta en jämförelse mellan två proteinsekvenser kan användas för att evaluera eventuell homologi.
Steg 1. Vilka punktmutationer är accepterade? Två kriterier måste uppfyllas. a) en mutation måste uppstå så att den kodar för en annan aminosyra. b) hela organismen accepterar mutationen som den dominerande proteinformen.
Steg 2. Frekvensen av respektive aminosyra måste vara känd.
Steg 3. Den relativa mutabiliteten av aminosyrorna räknas ut och beskriver sannolikheten för att den specificerade aminosyran byts ut. Beräknas genom att dela antalet gånger en aminosyra observeras att mutera med aminosyrans frekvensen.
Steg 4. Skapa en matris för sannolikheterna att en aminosyra ska mutera till en annan. Detta görs för alla aminosyror. Exempel på matriser är PAM och BLOSUM. PAM1 betyder att sekvenser som har muterat med 1 procent jämförts, och frekvenserna i en sådan matris säger hur sannolikt det är att en aminosyra muterar till en annan om sekvenserna är 1% lika. Men ibland vill vi undersöka proteiner som har större divergens.
Steg 5. PAM250 och andra PAM matriser. Om vi vill jämföra sekvenser som divergerad mer kan vi istället använda mindre stringenta matriser. PAM250 (som skapas genom att multiplicera PAM1 med sig själv 250 gånger) är intressant eftersom att det går att hitta homologi mellan proteiner som delar 20% identitet (identitet är hur många av aminosyrorna mellan de jämförda sekvenserna som matchar exakt).
Steg 6. Konvertera sannolikhetsmatrisen till en "relatedness odds" matris. Med denna går det att avgöra hur sannolikt det att en aminosyra muterar till en annan i en homolog sekvens? När du konverterat kan du gå till steg 7.
Steg 7. Log-Odds Scoring matris. Nu görs relatedness odds matrisen om till en log-odds matris. Då blir det möjligt att räkna ut en poäng för sannolikheten att en aminosyra muterar till en annan mer effektivt. När matrisen är i formen log-odds är det möjligt att använda addition istället för multiplikation, vilket är bättre ur ett beräkningsperspektiv för datorn eftersom att addition är mer sparsamt för en dator än multiplikation.
Im screwed. Måste snacka med proffen för att få de sista två stegen förklarade igen.
... är ett intressant fenomen. I min erfarenhet är det svårt att känna sig ensam när man är så målmedveten att målet är syret i ens lungor. Men det är en fragil mättnad. För när målet fallerar är man som ensammast. Ingen att vända sig till, ingen som kan fånga upp en i fallet. Det är därför ett sammanhang och meningsfullhet i sociala relationer är ytterst viktigt. Men det var något jag lärde mig först senare i livet och idag vårdar jag mina relationer. Jag gick från att känna mig proppmätt till utsvulten, till att ha någon att dela en måltid med. Idag förstår jag.
... hans forskning har brister. Tricket är att få alla andra i rummet att se bristerna. Som forskare har man ett ansvar att vara riktig och påläst i sitt ämnesområde, och att vara ödmjuk inför att se över sin data. Jag lyfte forskningsartiklar som tydligt säger att metoden för datainsamling professorn använder ofta ger felaktiga resultat. I klarspråk; Resultaten blir inte bättre än den råa datan. Tänker att istället för att fokusera på att försöka optimera sina algoritmer borde han göra något åt sin smutsiga data i första hand.
... lämna singellivet bakom sig? Finns några söta och smarta i min klass. Tänker inte prata om mina psykoser förrän vi lärt känna varandra. Känns onödigt att ge dem förutfattade meningar. I Sverige är vi relativt toleranta och förstående mot människor med psykisk ohälsa. Men det är inte så i till exempel Kina, har jag fått höra av en vän. Ska "go with the flow". Inte hela världen om jag inte träffar någon i plugget. Jag har lätt för att charma och för att bli charmad. Så det händer förr eller senare
... och jag träffade många människor som gjorde ett gott första intryck på mig. Jag fick höra att jag liknade Ed Sheeran och Harry Potter av två olika inom loppet av två minuter. Skrattade åt det faktiskt för - alla västerlänningar ser ju likadana ut? Min klass är liten och jag hoppas komma bra överens med dem. Jag blev kallad gammal av ett gäng internationella studenter. Vet inte om det är bra eller dåligt. I deras kultur anses det dåligt att studera när man är gammal för att ingen vill anställa en då
... om jag lyssnat på själv-erfarna icke-experter. Tycker människor ska vara försiktigare med diagnoskastning. Diagnoser bör reserveras för dem som är i störst behov av hjälp och inte användas som ett verktyg av pöbeln som i brist på bättre försöker dela in människor i fack. Lämna det åt experterna, tack!
... och har fått en fantastisk respons. Schiz o fri. En fantastisk upplevelse. Jag gick i många år och var rädd över att människor skulle tänka sämre om mig om de visste. Men det visade sig vara ett hjärnspöke. Jag är trygg i vem jag är idag. Återhämtningen har varit en krokig resa kantad med hinder. Men jag är tillbaka. Jag är redo. Redo att erövra världen och ta mig an mina mål och drömmar med ny kraft. Ibland har det gjort ont när främlingar skämtat om sjukdomen. Men idag förstår jag att vissa människor inte kan bättre. Idag vill jag påverka så att andra slipper känna smärtan jag länge bar på. Det är därför jag pratar öppet om det med psykiatrin, socialhögskolan, på konferenser, och nu även med allmänheten
Jag har blivit inbjuden att hålla ett föredrag på en konferens i Göteborg nästa år. Det ska tydligen vara en stor årlig konferens där många av Sveriges ledande psykiatriker samlas för att diskutera det senaste inom psykiatri. Ska tala om återhämtning. Det blir nog bra.
Många applåder och tack efter föredraget. Tror de uppskattade det. Fick många frågor efter föreläsningen och det var några som kom fram och tackade mig personligen för konferensens höjdpunkt. Tja, vad ska man säga. Jag är nöjd. Trodde först att min presentation skulle ta en halvtimme, men fick lite extra krut av nervositeten och lyckades genom genvägar korta ner föredraget till 20 och lämna 10 minuter åt frågor. Känns som att det var uppskattat eftersom att vi var tvungna att avbryta mitt i frågestunden trots att det var ett tiotal personer som då räckte upp handen för att få ställa en fråga. Fick även förfrågan av en i publiken att föreläsa för deras verksamhet i Malmö någon gång i framtiden.
