Dayhoff modellen - ett kvantitativt poängsystem

Dayhoff modellen för att poängsätta en jämförelse mellan två proteinsekvenser kan användas för att evaluera eventuell homologi.

Steg 1. Vilka punktmutationer är accepterade? Två kriterier måste uppfyllas. a) en mutation måste uppstå så att den kodar för en annan aminosyra. b) hela organismen accepterar mutationen som den dominerande proteinformen.

Steg 2. Frekvensen av respektive aminosyra måste vara känd.

Steg 3. Den relativa mutabiliteten av aminosyrorna räknas ut och beskriver sannolikheten för att den specificerade aminosyran byts ut. Beräknas genom att dela antalet gånger en aminosyra observeras att mutera med aminosyrans frekvensen.

Steg 4. Skapa en matris för sannolikheterna att en aminosyra ska mutera till en annan. Detta görs för alla aminosyror. Exempel på matriser är PAM och BLOSUM. PAM1 betyder att sekvenser som har muterat med 1 procent jämförts, och frekvenserna i en sådan matris säger hur sannolikt det är att en aminosyra muterar till en annan om sekvenserna är 1% lika. Men ibland vill vi undersöka proteiner som har större divergens.

Steg 5. PAM250 och andra PAM matriser. Om vi vill jämföra sekvenser som divergerad mer kan vi istället använda mindre stringenta matriser. PAM250 (som skapas genom att multiplicera PAM1 med sig själv 250 gånger) är intressant eftersom att det går att hitta homologi mellan proteiner som delar 20% identitet (identitet är hur många av aminosyrorna mellan de jämförda sekvenserna som matchar exakt).

Steg 6. Konvertera sannolikhetsmatrisen till en "relatedness odds" matris. Med denna går det att avgöra hur sannolikt det att en aminosyra muterar till en annan i en homolog sekvens? När du konverterat kan du gå till steg 7.

Steg 7. Log-Odds Scoring matris. Nu görs relatedness odds matrisen om till en log-odds matris. Då blir det möjligt att räkna ut en poäng för sannolikheten att en aminosyra muterar till en annan mer effektivt. När matrisen är i formen log-odds är det möjligt att använda addition istället för multiplikation, vilket är bättre ur ett beräkningsperspektiv för datorn eftersom att addition är mer sparsamt för en dator än multiplikation.

Im screwed. Måste snacka med proffen för att få de sista två stegen förklarade igen.