Vart lokaliserar proteinet i bakteriecellen?

Har fått ett nytt uppdrag - att kvantifiera hur några utvalda proteiner från Streptomyces lokaliserar i Escherichia coli celler. Ett av proteinerna i fråga kan känna av negativ kurvatur i membranet och kan på så sätt lokalisera till cellernas poler eller till celldelningställen (de binder pga att cellerna snörps åt där, vilket leder till negativ kurvatur). Proteinerna är märkta med fluorescerande protein och kan således följas med hjälp av ett mikroskop.

Hur kan en gå till väga för att analysera sådana bilder? Det finns lite olika angreppspunkter om en använder bildanalysprogrammet ImageJ/Fiji!

Det första sättet som testades var att dra linjer genom cellerna med ett linjedragningsverktyg. Och eftersom att bilderna är 16-bitar, innebär detta att varje pixel kan ha ett värde från 0 till ca 65.000. Beroende på hur mycket ljusets har brutits av bakterierna tilldelas varje pixel ett gråskalavärde. Programmet kan räkna ut en intensitetsprofil där den tar medelvärdet av en bredd av mätta pixlar. Detta gör det möjligt att ta fram en intensitetsprofil av ett värde av gråskala per längd bakterie mätt.

Det andra sättet involverar ett komplext och funktionellt plugin - MicrobeJ. Jag håller fortfarande på att utforska MicrobeJ, men det verkar som att detta plugin kommer att kunna hjälpa oss att visualisera proteinets lokalisering i en "cellmall" (en hypotetisk bild av en cell där fluorescenssignalerna ritas ut).

Det ska bli spännande att fortsätta med detta imorgon.