Att försöka förstå åtta homologer

Ett sätt för att hitta homologer (gener som är besläktade) kan vara att göra en så kallad BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) sökning. BLASTen hittar regioner av lokal likhet mellan protein- eller nukleotidsekvenser. Programmet jämför nukleotid- eller proteinsekvenser med sekvenser i en databas och beräknar den statistiska signifikansen för en match.

Genom att förse BLAST med sekvens till ett av de proteiner vi undersöker beräknas det finnas 8 homologer i genomet (vår gen inkluderat). Vi har knockat dessa generna redan och undersöker i dagsläget deras funktion. Generna verkar ha en funktion i bakteriens morfologi då vi observerat skillnader i fenotyp mellan vildtypen och mutanterna. Jag har jobbat de senaste dagarna med att etablera en metod för att mäta dessa skillnader.

Hur som helst, genom att ha erhållit sekvenserna kan jag påbörja enklare bioinformatiska analyser för att förstå generna på sekvensnivå. Börjar nog med att skriva ett skript för att beräkna GC-innehållet för varje gen.